Je ne pratique Plex que en Docker donc je ne suis pas sur de moi, mais il me semble que si vous déplacer vos fichiers a l'identique dans un autre dossier, puis vous modifiez le chemin dans la biblio plex , celui-ci apres une re-indexation devrais conservé les modifications manuelles.
Les chemins d'accès sont aussi dans la database de Plex, idem pour Emby.
Déplacer les fichiers génere une reindexation qui peut être très longue et fait perdre les modifications manuelles si il y en a eu. La solution est de passer par symlink ou une commande mount. Exemple, les fichiers sont dans le dossier A. Une commande mount monte le dossier A dans X. Déclarez toutes les bibliothèques de Plex dans X. L'indexation se fait dans X.
Si un jour vous déplacez vos fichiers du dossier A vers un dossier B par exemple, il suffit de démonter (unmount) et de monter le dossier B dans X.
Plex ne connaît que X, rien n'a changé, c'est transparent.
Créer X en dossier partagé pour gérer facilement les droits.
Utile pour changer de dossier, ou passer tous les fichiers du NAS vers un drive sur le cloud (Rclone) Gdrive, Uptobox ou autres, ou changer de cloud.
Idem pour des photos, des données, des sauvegardes...
Symlink n'est pas supporté par Docker, sauf si ça a changé depuis la dernière version. Par contre mount l'est.